Kondisi Desa Lemon berbentuk dataran rendah, dengan tersebar secara sporadis pada gugusan yang luas dataran tinggi atau perbukitan. Lahan dengan kemiringan 0,5-0,6% mencapai luasan 68.09% dan lahan dengan kemiringan 0,7% mencapai 32,91%. Kondisi geomorfologis yang demikian menyebabkan pertanian pada dataran rendah sangat tinggi teristimewa pada pertanian lahan basah dan kering maupun lainnya. Pertanian lahan lebih baik dilakukan atau dikerjakan oleh masyarakat sehingga produksi jagung menjadi andalan utama karena didukung oleh area pertanian dan perkebunan. 

Desa Lemon dibentuk pada tanggal 15 November 1999. Desa Lemon merupakan hasil mekar desa dari Desa Suenae dan Kelurahan Eban. Selama itu telah beberapa kali pergantian kepala desa, kepala desa yang pertama bernama Fransiskus Boysala (Kepala Desa Persiapan), Kepala Desa yang kedua sebagai kepala desa definitif adalah Laurentius Babu dengan masa jabatan 2002-2006, setelah itu pejabat PLT selama 1 tahun yaitu Bapak Stefanus Fobia pada tahun 2007. Pada tahun 2008-2014 pemerintah desa dijabat oleh kepala desa yaitu Henderikus Fobia dan tahun 2015-2021 dijabat oleh Krisantus Kandidus Olin. Tahun 2021 dijabat oleh Pj.Septimus Natun Tahun 2021- juni 2023. Kemudian terpilih  Kepala Desa Definitif Bapak Siprianus Naif periode 2023-2029.